La signature, en janvier 1999, d'une convention intercommunautaire entre la Communauté de Communes du Pays de Thann, de Cernay et Environs, de la Vallée de St Amarin, et de la vallée de la Doller et du Soultzbach scelle la naissance du Pays Thur Doller. A travers ce document, la Communauté de Communes du Pays de Thann a été identifiée comme le support administratif et financier du Pays Thur Doller.
En 2004, la structure juridique du Pays Thur Doller a évolué sous la forme d'un "Syndicat Mixte". Cette structuration lui confère désormais une totale autonomie juridique. Malgré tout, il n'a pas vocation à remplacer les Communautés de Communes existantes. Il se veut un interlocuteur de poids, une instance de réflexion et de prospective, un appui aux projets et aux initiatives locales, un soutien aux porteurs de projets potentiels, un dynamiseur. Il est le lien les 4 Communautés de Communes du Pays et veille à leur complémentarité.
En 2014, les Communautés de Communes du Pays de Thann et celle de Cernay et Environs fusionnent et donnent naissance à la Communauté de Communes de Thann-Cernay.
En 2015, une nouvelle évolution de la structure juridique du Pays Thur Doller l'amène à devenir un Pôle d’Équilibre Territorial et Rural* tout en conservant sa vocation auprès des Communauté de Communes.
*Les PETR sont des établissements publics constitués par accord entre EPCI à fiscalité propre, au sein d’un périmètre d’un seul tenant et sans enclave, en vue de mener des actions d’intérêt commun et d’élaborer un projet de territoire définissant les conditions du développement économique, écologique, culturel et social dans le périmètre du pôle d'équilibre territorial et rural. Ce projet de territoire précise les actions en matière de développement économique, d'aménagement de l'espace et de promotion de la transition écologique.
La loi (Loi d'Orientation pour l'Aménagement et le Développement Durable du Territoire, juin 1999) définit le Pays comme une communauté de personnes réunies sur un même territoire par l'histoire, les habitudes de vie, l'emploi, l'économie, etc. Il est donc plus qu'un regroupement administratif de communes : c'est un espace de vie cohérent, animé par un projet défini par le moyen d'une Charte de Pays.
Élaborée avec le concours de la société civile (acteurs associatifs, économiques, sociaux, environnementaux) et des élus locaux, cette "Charte de Pays" envisage le devenir du territoire local pour les 10 à 15 prochaines années. Elle va bien au-delà de la simple description des moyens d'action. Elle traduit un véritable projet de société.
En outre, le Pays est un outil à disposition des collectivités destiné à assurer une cohérence optimale entre les actions menées à l'échelle des communes et des Communautés de Communes. C'est la Charte de Pays qui en trace le cadre, en prenant en compte la diversité des dimensions du développement : économique, sociale et environnementale.